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El diagrama de flujo anterior muestra la lógica general del funcionamiento del Sistema de Control así como la interacción con algunos dispositivos auxiliares.

• Primeramente se comienza inicializando el dispositivo para comunicación serial USART, posteriormente se inicializa el ADC (por sus siglas en inglés Analog Digital Converter), además se configura el puerto E para los terminales asociados a cada LED y por último se inicializa el Timer en conjunto con el PWM los cuales van a ser la base de que el control sea posible, así como la ejecución de los ciclos entre otras cosas.
• Seguidamente se procede a establecer la referencia a la cual se necesita que el motor gire, para esto se ha diseñado un algoritmo de manera que que al ingresarlo primeramente se le deba ingresar el signo + ó - indicando de esta manera el sentido de giro del motor, una vez que se haya ingresado uno de ambos signos, el programa espera recibir dos números los cuales van a representar el porcentaje de la velocidad respecto a la velocidad máxima a la cual va a estar girando el rotor del motor.
• Una vez ingresada la referencia, se verifica si ha habido algún cambio de signo, lo cual indicaría un cambio en el sentido de giro del motor, de ser así, se procede a realizar un detenido rápido del mismo, estableciendo las dos entradas IN1 e IN2 en bajo además se da un tiempo de espera para luego comenzar el giro del motor en el sentido opuesto y realizar los cálculos de la señal de control. En caso contrario, el microcontrolador simplemente continúa calculando la señal de control para alcanzar las nueva referencia.

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