El diagrama de flujo anterior muestra la lógica general del funcionamiento del Sistema de Control así como la interacción con algunos dispositivos auxiliares.

• Primeramente se comienza inicializando el dispositivo para comunicación serial USART, posteriormente se inicializa el ADC (por sus siglas en inglés Analog Digital Converter), además se configura el puerto E para los terminales asociados a cada LED y por último se inicializa el Timer en conjunto con el PWM los cuales van a ser la base de que el control sea posible, así como la ejecución de los ciclos entre otras cosas.
• Seguidamente se procede a establecer la referencia a la cual se necesita que el motor gire, para esto se ha diseñado un algoritmo de manera que que al ingresarlo primeramente se le deba ingresar el signo + ó - indicando de esta manera el sentido de giro del motor, una vez que se haya ingresado uno de ambos signos, el programa espera recibir dos números los cuales van a representar el porcentaje de la velocidad respecto a la velocidad máxima a la cual va a estar girando el rotor del motor.
• Una vez ingresada la referencia, se verifica si ha habido algún cambio de signo, lo cual indicaría un cambio en el sentido de giro del motor, de ser así, se procede a realizar un detenido rápido del mismo, estableciendo las dos entradas IN1 e IN2 en bajo además se da un tiempo de espera para luego comenzar el giro del motor en el sentido opuesto y realizar los cálculos de la señal de control. En caso contrario, el microcontrolador simplemente continúa calculando la señal de control para alcanzar las nueva referencia.
• Existe también el botón USER del microcontrolador, con el cual se va a indicar que se va a ingresar una nueva referencia al controlador, la cual podría incluir un cambio de giro incluso. Este botón se establece como una medida de seguridad para evitar que se ingrese al sistema datos que se digitaron por accidente, de esta manera primeramente se debe de presionar el botón para indicar al controlador que se le va a enviar un nuevo valor de referencia.
• Para el cálculo de la señal de control, primeramente se calcula el valor del error normalizado, con esto se realiza al cálculo del control proporcional así como del control integral, los cuales se van a sumar para generar la señal de control que va a alterar el ciclo de trabajo del PWM y se vuelve a iniciar con el ciclo del cálculo de la señal control.

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