Es mucho mas sencillo, si se quiere instalar varias veces un paquete, tener un instalador ya configurado para una computadora estandar, que configurar el codigo fuente cada vez que se va a instalar, por lo que la propuesta de crear un archivo de instalacion de debian .deb toma validez.
Si se quiere instalar un paquete una unica vez, con una configuracion personalizada para cada computadora, es mejor instalar y configurar paso a paso el codigo fuente.
Se pueden modificar muchas cosas en los archivos de configuracion, en el debian/rules se pueden agregar muchas opciones de compilacion, como se puede ver en el manual adjunto en la explicacion de dicho archivo, la variedad de modificaciones y especificaciones que se pueden hacer en la compilacion es inmensa, lo que permite que cada .deb pueda ser personalizado para las necesidades de cada programa.